Prodi Magister Ilmu Peternakan UGM selalu melakukan peningkatan kualitas di segala aspek. Dalam rangka menjamin kualitas tersebut, Prodi Magister Ilmu Peternakan mempunyai sistem penjaminan mutu internal maupun eksternal. Komponen utama dalam sistem penjaminan mutu internal adalah Audit Mutu Internal yang dilakukan setiap tahun oleh Badan Penjaminan Mutu UGM. Sedangkan, dalam hal penjaminan mutu eksternal, Prodi selalu mempertahankan akreditasi BAN-PT yang merupakan akreditasi perguruan tinggi tingkat nasional.
Seiring dengan peningkatan kualitas dan untuk meningkatkan kompetisi di tingkat global, tahun ini Prodi Magister Ilmu Peternakan telah mengajukan sertifikasi ASEAN University Network – Quality Assurance (AUN-QA). Proses yang memakan waktu satu tahun tersebut ditutup dengan selesainya visitasi oleh 2 assessors AUN-QA, Assoc. Prof. Chavalit Wongse-ek dan Assoc. Prof. Dr. Rosula Reyes dari Filipina pada 8-10 April 2019.
Dalam kegiatan visitasi, asesor meninjau langsung site-site institusi beserta fasilitas yang ada di dalamnya, seperti kantor administrasi, ruang kelas, laboratorium, serta fasilitas pembelajaran lain (kandang, kebun hijauan, dan perpustakaan). Kegiatan ini juga melibatkan semua pimpinan fakultas dan prodi, dosen, tenaga kependidikan, mahasiswa, alumni, serta pengguna alumni baik selama proses pengajuan maupun audiensi yang merupakan bagian dari kegiatan visitasi.
Saat ini hasil dari pengajuan sertifikasi AUN-QA untuk Prodi Magister Ilmu Peternakan UGM masih dalam proses review oleh tim AUN-QA. Harapannya, setelah tersertifikasinya Prodi di tingkat internasional akan meningkatkan kepercayaan diri institusi serta mendukung tercapainya tujuan Fakultas Peternakan UGM dalam rangka menjadi top 10 educational institutions in animal science in tropical countries.