Program Magister (S2) Ilmu Ternak dibuka pertama pada 1 September 1980 dengan 2 mayor, yaitu: Ilmu Produksi Ternak dan Ilmu Maknaan Ternak. Selanjutnya pada tahun ajaran 1981/1982 ditambah 1 mayor, yaitu Ilmu Pemuliaan Ternak dan Reproduksi Ternak. Tahun 1984 dikembangkan menjadi 3 minat utama Program Studi Ilmu Ternak, yaitu: 1) Minat Utama Ilmu Produksi Ternak, 2) Minat Utama Ilmu Nutrisi dan Makanan Ternak, dan 3) Minat Utama Ilmu Pemuliaan dan Reproduksi Ternak.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan NO 0331/0/1991 tentang Penutupan Fakultas Pascasarjana dan Pembukaan Program Pascasarjana di Lingkungan Unviersitas dan Institut Negeri maka pada tahun 1992 Fakultas Pascasarjana diubah menjadi Program Pascasarjana dengan status Program Pascasarjana Ilmu Peternakan tetap berada di bawah naungan Program Pascasarjana UGM. Selanjutnya pada tahun 2002 Program Magister Ilmu Petenrkana memiliki 4 minat utama, yaitu: Minat Studi Ilmu Nutrisi dan Makanan Ternak, Minat Studi Ilmu Produksi Ternak, Minat Studi Sosial Ekonomi Peternakan, dan MInat Studi Teknologi Hasil Ternak.
Pada tahun 2006, dengan diterbitkannya Keputusan Rektor UGM No. 89/P/SK/HT/2006 tentang Penyelenggaraan Program Magister Monodisiplin berkedudukan di bawah fakultas, maka Program Magister Ilmu Peternakan dikelola oleh Fakultas Peternakan UGM.
Program Studi Magister Ilmu Peternakan saat ini menawarkan 5 minat studi, yaitu: a) Nutrisi dan Makanan Ternak, b) Sistem Produksi Ternak, c) Kebijakan dan BIsnis Peternakan, d) Tenologi Hasil Ternak, serta e) Reproduksi dan Pemuliaan Ternak Tropik.