Universitas Gadjah Mada merupakan salah satu universitas yang melaksanakan pendidikan formal tertinggi sejak berdirinya tahun 1949, dan telah meluluskan seorang Doktor bidang llmu-ilmu Pertanian pertama kali pada tahun 1958. Pelaksanaan Program Doktor di UGM mengalami perubahan dan perkembangan dari waktu ke waktu. Pada tahun 1978 didirikan Lembaga Pendidikan Doktor (LPD) sebagai institusi Penanggung Jawab pelaksanaan program doktor di UGM. Tahun 1983, didirikan Fakultas Pascasarjana sebagai pelaksana program pascasarjana (Program S-2 dan S-3) di UGM berdasarkan Keputusan Presiden RI No: 53 Tahun 1982.
Program Doktor selanjutnya semakin mantap dilaksanakan di bawah Program Pasacasarjana UGM, terutama setelah dikeluarkannya SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Rl No: 053/U/1993 tentang Pelaksanaan Pendidikan Doktor di Perguruan Tinggi. Pada tahun 1993 UGM memperoleh SK Dirjen Dikti Depdikbud RI No. 690/DIKTI/Kep/1993 tentang Pemberian Ijin Penyelenggaraan Program Magister dan Program Doktor di UGM. Adapun Program Doktor yang termaktub di dalam SK tersebut adalah Program Doktor Bidang Ilmu-Ilmu Pertanian, Teknik, Kesehatan, Matematika & Ilmu Pengetahuan Alam, Humaniora, dan Sosial. Program Doktor Bidang Ilmu-ilmu Pertanian terdiri dari 11 (sebelas) program studi, yaitu: Agronomi, Ilmu EkonomiPertanian, Fitopatologi, Ilmu Hama Tumbuhan, Ilmu Pemuliaan Tanaman, Ilmu Tanah, Ilmu Pangan, Ilmu Teknik Pertanian, Ilmu Peternakan, Sain Veteriner, dan Ilmu Kehutanan.
Pelaksanaan Program Doktor Bidang Ilmu-IlmuPertanian saat ini mengacu pada SK MenteriPendidikan dan Kebudayaan Rl No 212/U/1999 tentangPenyelenggaraan Program Doktor, SK Menteri Pendidikan Nasional Rl No. 232/U/2000 tentang Pedoman Penyusunan KurikulumPendidikan Tinggi dan Peraturan UGM tentang Penyelenggaraan Program Doktor (S-3) Tahun 2001.
Penyelenggaraan Program Pasca Sarjana Ilmu Peternakan menjadi monodisiplin yang dikelola oleh Fakultas Peternakan UGM sesuai keputusan Rektor UGM No 89/P/SK/ HT/ 2006, dimulai sejak 9 Maret 2006.